מנהלת סל"ע הינה מנהלת ביצוע במשרד ראש הממשלה והוקמה מכח החלטת הממשלה מס' 1996 מיום 6.6.2004. המנהלה כפופה לועדת ההיגוי, אשר קמה אף היא מכח החלטת הממשלה הנ"ל, בראשה עומד ראש המועצה לביטחון לאומי וחברים בה נציגי צ.ה.ל., משטרת ישראל ומנכלי"ם של משרדי הממשלה הרלוונטיים.
הצעת החוק ליישום תוכנית ההתנתקות התשס"ה – 2005, אשר אושרה בקריאה ראשונה על ידי מליאת הכנסת ביום י"ט בחשוון תשס"ה - 3.11.2004, מייחדת פרק שלם לפעילות המנהלה, תפקידיה וסמכויותיה.
בראש המנהלה עומדת כיום הגברת צביה שמעון. המנהלה מורכבת ממשרד ראשי הממוקם בירושלים ושני משרדים אזוריים. משרד אזור דרום ממוקם בשדרות, אחראי על הטיפול במתיישבי חבל עזה. משרד אזור צפון, הממוקם בחדרה, אחראי על הטיפול במתיישבי צפון השומרון. בין השאר, מועסקים במנהלה יועץ תקשורת וכן צוות חברתי המורכב מעובדים סוציאליים.
תפקידי המנהלה, כפי שהוגדרו בהחלטות הממשלה השונות, הינם ליישם את החלטת הממשלה הנ"ל "בכל הקשור לפינוי האזרחי ולפיצוי". מנהלת סל"ע הוסמכה להעניק לזכאים לפיצוי מקדמה על חשבון הפיצויים המגיעים להם בהתאם לתנאים ולכללים שנקבעו על ידי "הועדה לענייני פינוי, פיצוי והתיישבות חילופית" בראשות מנכ"ל משרד המשפטים ואשר אושרו בישיבת ועדת שרים לענייני ביטחון לאומי (הקבינט המדיני בטחוני) מיום כ"ח אלול התשס"ד (14.9.2004.)
תפקידה המרכזי של המנהלה הוא סיוע למתיישבים המיועדים לפינוי מבתיהם, לרבות בתי עסק ומפעלים, בהתאם להחלטות הממשלה. המנהלה עוסקת בסיוע למתיישבים הן מההיבט הכלכלי והן בהיבטים האחרים. בין השאר, פועלת המנהלה להענקת סיוע חברתי ואישי למתיישבים בתקופת המעבר.
מטרה חשובה ועיקרית בפעילות המנהלה הינה לאפשר למתיישבים המעוניינים בכך להעתיק את מקום מגוריהם למקומות יישוב חלופיים, אם במסגרת ישוב שלם או קבוצות מתיישבים ואם במסגרת של משפחות בודדות אשר יביעו את רצונם לעשות כן.